Rassure toi, c'est tout a fait normal.
Comme tous les métaux non protégés, la chaine rouille par l'humidité qui se trouve dans l'air (et n'oublie pas que ta bâche ne protège pas ta moto contre la "rosée du matin"

) (Voisin : R6, il s'est planté y'a deux semaines, il la laisse dans un hangar... ben sa chaine rouille. Il l'avait nettoyée a fond avant de se planter...)
Ces petites traces de rouilles devraient disparaitre avec l'usure naturelle de ta chaine lorsque tu mettras ta moto en mouvement (sauf si ta rouille est sur les maillons, là, faudra penser a faire autre chose...)
Après un gros nettoyage de la chaine, je la graissais complètement => même sur la maillons en déposant de la graisse sur un doigt et en le frottant contre la chaine
Parcontre, t'es pas obligé de dégraisser ta chaine a tous tes graissages... Je l'ai fait une fois, et après ma chaine a rouillé a une vitesse V V' :/
Fais le seulement si elle est super crâde, sinon, c'est vraiment inutile + le risque de la faire rouiller plus vite, c'est pas genant, mais c'est pas beau, je te l'accorde...